水科学研究中心依托粤港澳大湾区发展实施规划中科技发展布局，在国家、广东省以及北京师范大学的支持下，依托珠海校区独特区位优势，联合香港、澳门两地高校和科研机构，以重点实验室或工程中心为依托，争取国家重大科研项目、申报国家级平台和示范基地，争取更多支持，目前已成功获批省部级重点实验室—粤港水安全保障联合实验室，地下水污染控制与修复教育部工程研究中心也落户珠海校区。

目前中心配套400 m²实验室，包含“光谱分析仪器室”、“质谱分析仪器室”、“生化分析实验室”、“数值模拟实验室”等，并购置部分实验仪器设备，并逐步开展了设备购置论证工作。其中，已完成21台大型仪器设备论证工作，招标工作已经全部完成，包括离子色谱仪，高效液相色谱仪，气相色谱质谱联用仪，三维荧光光谱仪，多功能毒性监测仪，连续流分析仪，高通量测序仪，流式影像仪，多功能光谱仪（拉曼光谱），超纯水系统，微波消解仪，总有机碳分析仪，傅里叶红外光谱仪，激光粒度仪，原子荧光光度计、生态型水下机器人、大面积采水器、水生态监测站、智能化地下水检测仪、微生物原位检测系统、野外藻类分析仪等，共计1100万。所列仪器设备已陆续安装到位中，为教学和科研工作的开展奠定一个良好的基础。

第二批仪器论证也以获批电感耦合等离子体质谱仪、多功能高压吸附分析仪、气质质联用仪、多功能激光扫描成像系统等4台仪器设备，共计近600万元。